# 数据转储

# dump输出

虽然LAMMPS支持很多的参数计算,但是种类毕竟有限。很多情况我们需要拿到粒子坐标这样的一级物理信息,用来计算自己所需的参数或者可视化。

提示

定位到dumpdump_modify

dump ID group-ID style N file args
1
  • ID dump命令的id,可以是数字也可以是字符串
  • group-ID 需要转存的原子群,如果没有限制,可以写作all。具体参照group
  • style 是预设类型。建议使用custom来自定义输出
  • N 输出的周期
  • file 输出的文件名
  • args 可选项,具体查询手册。常用的有id, mol, type, element, xu yu zu, ix iy iz, q

dump文件的输出主要通过由dump和dump_modify命令来实现。LAMMPS中提供了多种预定义的输出格式,如dump atom、dump xtc等。也可通过用户自定义(dump custom)的方式输出每个原子属性的相应值。LAMMPS中预定义了一些可直接用于输出的原子属性,如id、x、fx等。此外,由compute、fix或variable三个命令所得到的参量值,也可通过c_ID、f_ID或v_name关键字引用。在这三种情况下,compute、fix或variable三个命令得到的量作为dump custom命令的传入值时必须是一个per-atom量值,如上述例子中,thermo_style会报错,但可通过dump custom输出c_1值。

compute    1 all pe/atom
thermo_style   custom step temp pe etotal c_1
dump   1 all custom 100 xxx.xyz id type x y z c_1
1
2
3

还有一种dump local命令格式,用于指定要输出的某处理器中处理的原子的值。具体可通过指定一个预定义的索引关键字来输出该局域值。此外,该命令也可通过c_ID、f_ID或v_name关键字引用由compute、fix或variable三个命令所得到的参量值。在这三种情况下,compute、fix或variable三个命令得到的量作为dump local命令的传入值时必须是一个局域量值。

dump通常输出的结果是无序的,可以通过dump_modify sort修正。

由于是并行计算,系统中的粒子被分配给各个核心,因此取回时会发现有些原子略微超出了盒子边界。这通常来说不要紧,如果非常在意,有dump_modify strict命令可以修正。

由于是每多少步进行一次,默认第一步是不进行输出的,只会输出minimize的最后一步和后面的周期。这可以通过dump_modify first来修正。

dump是设定命令,有一些具体的行为需要用dump_modify来修正

dump_modify dump-ID keyword values ...
1
  • dump-ID 需要修正的dump ID

常用关键字:append、at、element、sort